|
|
Секвенатор Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM™)
  Самое быстрое секвенирование  Возможность выбора производительности прибора
Непревзойденная однородность покрытия
Широкий спектр приложений
-
Секвенирование ампликонов, микробных геномов, анализ РНК, иммунопреципитированного хроматина, статуса метилирования и парных концов
Секвенатор Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM™) дает исследователям возможность получать высококачественные данные о последовательности ДНК в рекордные сроки. Для получения таких данных системе PGM™ требуется менее 2-х часов при прочтении до 200 пар оснований, и менее часа для более коротких прочтений. Длина единичных прочтений постоянно растет и достигнет 400 пар оснований в 2012 году. Рабочий процесс PGM™ позволяет анализировать до 8 образцов менее чем за один день. Выбрав подходящий микрочип из нескольких существующих, каждый из которых совместим с секвенатором PGM™, пользователи определяют производительность прибора от 10 млн до 1 млрд пар оснований высокого качества. В отличие от других технологий секвенирования посредством синтеза, механизм секвенирования Ion Torrent не требует использования химически модифицированных нуклеотидов, лазеров и оптических детекторов. Это позволяет системе PGM™ достигать непревзойденной однородности покрытия, практически не зависящей от GC-состава читаемой ДНК. Система PGM™ является идеальной платформой для решения всех задач секвенирования.
Самое быстрое секвенирование
Гибкий процесс пробопоготовки позволяет одному оператору подготовить до восьми образцов (от ДНК до результата) менее чем за один день. Запуск прибора при прочтении до 200 пар оснований индивидуальных фрагментов ДНК занимает менее 2-х часов, что резко контрастирует с более чем 24 часами для 150 пар оснований, заявленными для другой технологии. Создание библиотек и подготовка их для секвенирования для 8 образцов занимает менее 6 часов. Технология секвенирования Ion Torrent совместима со всеми методами приготовления библиотек. В течение 5 минут после запуска прибора, PGM™ начинает выводить данные о последовательности, которые отображаются в Torrent Browser – программе с интуитивным интерфейсом для визуализации и упорядочивания результатов для дальнейшей работы.
Возможность выбора производительности прибора
В зависимости от требований конкретного эксперимента к производительности прибора, исследователи могут выбирать между различными полупроводниковыми микрочипами для секвенирования, чтобы получать от 10 млн до 1 млрд пар оснований, прочитанных с высокой точностью (точность консенсуса более 99,99%, точность одиночного прочтения более 99,5%). Различие между микрочипами определяется числом сенсоров для секвенирования. Микрочип Ion 314™ несет более 1,2 млн сенсоров для секвенирования, микрочип Ion 316™ - 6 млн, а микрочип Ion 318™ - 12 млн сенсоров. Все полупроводниковые Ion микрочипы для секвенирования совместимы с PGM™. Более производительные микрочипы не требуют для работы никакого дополнительного оборудования и программного обеспечения.
Рис. 1 Полупроводниковые микрочипы для секвенирования
Широкий спектр приложений
Секвенатор PGM™ поддерживает все возможные приложения секвенирования. Он позволяет проводить секвенирование ампликонов в рекордно сжатые сроки. Более того, прочтение 200 пар оснований делает возможным секвенирование длинных ампликонов, что упрощает основанные на этом научные проекты и делает их более доступными. Длинные прочтения и равномерное покрытие, характерное для PGM™, дает возможность получить оптимальный результат при осуществлении проектов по секвенированию микробных геномов. Кроме того, от 6 до 8 млн индивидуальных прочтений, получаемых за один запуск PGM™ на микрочипах Ion 316™ и 318™, идеально подходят для решения задач по анализу РНК и микроРНК (RNA-Seq), а также иммунопреципитированного хроматина (ChIP-Seq). Секвенирование парных концов, анализ статуса метилирования ДНК и другие приложения полностью совместимы с системой PGM™. Кратчайший путь от гипотезы к результатам позволяет исследователям максимально использовать свой творческий потенциал и получать значимые открытия в рекордные сроки.
Таблица 1. Характеристики полупроводникового секвенирования в 2011-2012 гг.
|
Полупроводниковый чип для секвенирования |
Произво-дительность |
Длина прочтения |
Время секвенирования |
|
314 |
> 10 млн п.о. |
2011г.
> 200 п.о. |
2012г.
> 400 п.о. |
< 2 часов |
|
316 |
>100 млн п.о. |
|
318 |
>1 млрд п.о. |
|
Точность прочтения |
консенсусная >99,99%, единичного прочтения >99,5% |
Характеристики PGM™
|
Вес: |
24,9 кг |
|
|
Размеры: |
Ширина: |
21,59 см |
|
|
Глубина: |
53,85 см |
|
|
Высота: |
56,54 см |
|
Мощность: |
Напряжение: |
100-240 В |
|
|
Сила тока: |
6,7 А |
|
|
Частота: |
50/60 Гц |
|
|
КПД: |
65% |
Характеристики Torrent Server
|
Процессор: |
Два шести-ядерных процессора |
|
RAM: |
48 GB |
|
Хранилище: |
8 жесктих дисков по 2 TB (RAID5) |
|
Сеть: |
Гигабитный NIC с 4 портами |
|
GPU: |
Графический процессор NVIDIA |
|
Корпус: |
Dell Precision T7500 |
Дополнительное оборудование:
• Миксер IKA ULTRA-TURRAX Tube Drive
• Система для фрагментации ДНК
• Система для деионизации воды (18 mC)
|
